一、苗木出圃前应严格核对，尤其在品种多时，还要挂明标签，以免品种混杂。
二、在起苗或刨苗前，应先对苗圃地浇一次透水，以利苗木充分吸水和便于起苗，且尽量少伤根系，确保根系完整。起苗后要根据苗木标准，进行分级，按50至100株绑成一捆待栽或待运。
三、严格检疫。目前苹果苗检疫对象主要有美国白蛾和苹果绵蚜，如有发现应就地消毁。
四、远距离运输苗木，必须进行包湿包装并挂上标签，标明品种砧木、等级，数量、日期和产地等，必要时还应对所运苗木，进行消毒处理。消毒剂有石硫合剂，即用波美3度的石硫合剂溶液浸苗15至20分钟，再用清水冲洗即可。
