首先，可以确定的是基本农田不能种树！
这是《中华人民共和国土地法》严令禁止的违法，甚至是犯罪行为，切不可触碰红线！而其他耕地，农户可以根据自己经营管理需要，栽种果树或其他经济树木。对于在基本农田已经种树的行为，基层林业建议还是自行移植清理，恢复原状种植农作物为妥。
我国颁布的《中华人民共和国土地法》明确规定，禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼
《中华人民共和国土地法》第三十六条明确规定，不得破坏耕地，在耕地上挖沙取土，采石采矿，建房以及堆弃杂物垃圾，禁止占用基本农田发展林果业（种树），开挖鱼塘等，从事种植业、养殖业。
众所周知，我国是世界上人均耕地面积较少的国家之一，保护耕地，尤其是基本农田是功在当代，利在千秋的大事，任何单位和个人应该责无旁贷的严格执行。记得有句宣传标语是这样写的：“但存方寸地，留与子孙耕”，这也是现实生活中最真实的写照，期待所有人都有这种忧患意识，节约土地，保护基本农田，共同构筑国家粮食安全保障。
基本农田的监管机构和处罚原则
基本农田的监管，原则上是县级以上人民政府，一般由自然资源局具体执行。
监管方法：自然资源局一般在各乡镇设有派驻机构，工作内容就是办理相关土地征占用手续，以及行使土地监管职能，通常通过日常巡查，结合定期卫星监测来履行职责。基本农田自然是监管重点，只要被占用或者改变用途如种树，会很快被监测到，否则就是监管部门监管不力了。
处罚原则：在现实中，一般只要不是大面积恶意破坏、侵占基本农田，农户小面积种植树木的行为，只要及时纠正，移走或清理掉树木，恢复原状，都不会追究相应责任，予以处罚的。当然，如果农户不配合督查整改，拒绝清理树木，恢复原状，监管部门有责任和权利下发整改通知书，限期清理树木，恢复原状，并处相应处罚的，构成犯罪的会移交司法机关，立案侦查，追究刑事责任的。
基本农田栽了树怎么办？
因此，只要农户不是恶意侵占、破坏基本农田，一时头脑发热，违反了《土地法》相关规定，自行或者在接到巡查整改通知的前提下，及时清除栽植的树木，恢复基本农田原状，继续耕种就可以了。
如果在接到整改通知后，仍然我行我素，拒不清理树木，恢复基本农田原状，一定会受到相应处罚，构成犯罪的，会依法追究刑事责任，农户需要谨慎应对。
对于移植的树木，如果经济价值较高，可以选择流转一般耕地或者一些荒山荒地种植，以减少损失，发展经济。
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